Rokosz Lubomirskiego
Jabłonowski cieszył się z awansu, a w Rzeczpospolitej wrzało. Zbliżała się ostateczna rozgrywka pomiędzy dworem a Jerzym Sebastianem Lubomirskim, w której wojewoda ruski jako stronnik dworu miał wziąć udział. Jabłonowski nie angażował się jednak od początku czynnie w przepychanki między dworem a opozycją. Na sejmie, który skazał Lubomirskiego na utratę czci i urzędów, Jabłonowski nawet nie przemawiał. Po skazaniu Śreniawity para królewska musiała się zastanowić, komu oddać urzędy po nim. Do objęcia laski marszałkowskiej typowany był oczywiście Jan Sobieski, w którym dwór pokładał wielkie nadzieje. W końcu przyszły monarcha ugiął się pod presją królowej i przyjął urząd po swoim dawnym dowódcy. Podobnie było z buławą polną koronną, którą otrzymał Czarniecki. Zmarł jednak praktycznie zaraz po jej otrzymaniu, toteż kwestia nominacji nowego hetmana polnego pozostawała otwarta. Profesor Mirosław Nagielski wskazuje, że Jabłonowski miał bardzo dużą chęć na objęcie tego urzędu – nic w tym dziwnego. Wojewoda ruski już wówczas swoje przesłużył i żołnierzem był doświadczonym, choć nie wsławił się niczym spektakularnym. Jak jednak pokazywała wielokrotnie historia Rzeczpospolitej, hetmanami zostawali ludzie mniej zdolni niż Jabłonowski lub mniej niż on doświadczeni. Wystarczy przypomnieć księcia Janusza Radziwiłła, który przyjmując buławę polną litewską miał praktycznie zerowe doświadczenie wojskowe, a okazał się wodzem nieprzeciętnym. O tym, kto zostanie hetmanem polnym, zdecydować miała – jak często bywało – wielka polityka. Prócz Jabłonowskiego istotnym kandydatem był rzecz jasna Sobieski i książę Dymitr Wiśniowiecki – kolejna wpływowa postać w stronnictwie francuskim. Jan Kazimierz podjął decyzję, że nie od razu rozda buławę polną, by – jak wskazuje Nagielski – jeszcze mocniej związać kandydatów z dworem.
Lubomirski miał wielkie wpływy w armii koronnej. Dwór doskonale zdawał sobie z tego sprawę, toteż wysłał na Ukrainę Jabłonowskiego, aby ten zapobiegł buntowi chorągwi koronnych. Wojewoda ruski miał o tyle utrudnione zadanie, że regimentarzem wojsk stacjonujących na ukrainnym teatrze wojennym był Marcin Zamoyski – stronnik Śreniawity. Wagner przytacza, że 26 lutego 1665 roku, w drodze do obozu, Jabłonowski zawitał w odwiedziny do Żółkwi, gdzie bawił wówczas Sobieski, i tam „całą noc dyskutowali […] nad sprawą rozwodu Marii Kazimiery [wówczas żył jeszcze pierwszy mąż Marysieńki – Jan Sobiepan Zamoyski, natomiast romans Sobieskiego z młodą żoną Zamoyskiego kwitł w najlepsze – przyp. aut.]. Zapewne podczas tej »nocnej rozmowy« potwierdzona została nie tylko obustronna życzliwość, ale poruszono także sprawę dalszej współpracy obu dostojników”. Tak też wojewoda ruski cementował przyjaźń, która miała przetrwać bez mała jeszcze ponad trzydzieści lat.
Jabłonowski przybył na miejsce w połowie marca 1665 roku i bardzo mocno starał się, by zapobiec katastrofie i przejściu armii koronnej na stronę eksmarszałka. Proponował królowi, by rozdzielić oddziały w kilku mniejszych obozach. Działania wojewody Jabłonowskiego, jakkolwiek ofiarne, nie zapobiegły zawiązaniu konfederacji wojskowej, na czele której stanął Adam Ostrzycki, a jego zastępcą został Józef Borek. Teraz było już całkowicie jasne, że Lubomirski osiągnął swój cel i zbrojna rozprawa jest nieunikniona. 10 lipca Jabłonowski przybył już do obozu wojsk królewskich i razem z Sobieskim zdecydowanie popierał siłowe rozwiązanie sporu (być może Jabłonowski liczył, że taka postawa przybliży go do buławy polnej). W działaniach przeciwko Lubomirskiemu wojewoda ruski większej roli jednak nie odegrał. Domagał się natomiast, by Ludwik XIV przysłał Janowi Kazimierzowi posiłki. Jabłonowski pod wpływem Sobieskiego był wówczas już mocno zaangażowany w działalność stronnictwa francuskiego. 8–9 listopada regaliści i rokoszanie podpisali ugodę pod Palczynem. Działania wojenne zamarły, natomiast obie strony zdawały sobie sprawę z tymczasowości tej ugody. Na przełomie 1665 i 1666 roku Jabłonowski bawił w Warszawie, gdzie bardzo często odbywał sesje i spotkania z dyplomatami Ludwika XIV. Stronnictwo francuskie domagało się od Króla Słońce przysłania wojska, by zdławić rokosz i przeprowadzić elekcję vivente rege.
Wiosną wojna z Lubomirskim została wznowiona. Po wielu miesiącach wspólnych podchodów, walki podjazdowej i „tańca gonionego” obie strony spotkały się w końcu pod Mątwami nad Notecią 13 lipca 1666 roku. Ta krwawa i tragiczna bitwa została opisana przez Tadeusza Korzona i Wiesława Majewskiego. Starcie skończyło się pogromem i rzezią wojsk królewskich oraz kompromitacją Sobieskiego. Z hetmana polnego zrobiono „twarz” i głównego winowajcę klęski. Jabłonowski nie brał bezpośredniego udziału w boju. Był jednak świadkiem ugody w Łęgonicach i pogodzenia się Lubomirskiego z królem. Rokoszanin opuścił Rzeczpospolitą i zmarł na wygnaniu we Wrocławiu 31 stycznia 1667 roku. Coraz bardziej zniechęcony Jan Kazimierz myślał natomiast o abdykacji.
